96年11月27日立法院三讀通過「水污染防治法」部分條文修正 案，降低罰鍰額度。本次立法委員主動提案修法，主要係認為畜牧業造成的有機污染，與工廠產生的有毒重金屬污染不同，處罰標準應有差別，且為體恤畜牧業多屬中高齡農友，普遍教育程度不高，因此希望調降畜牧業違反水污染防治法的罰鍰。提出修正內容包括調降違反放流水標準、未繳交水污費、未依規定變更排放許可證、採行水污染防治措施未符規定、專責人員未符規定，及未依規定檢測申報等的罰鍰額度。
本署認為違反放流水標準，因已涉及實質環境污染，罰鍰額度不宜調降；其餘違反行政措施規定，例如未檢測申報、未紀錄等，因未涉及環境實質污染，可考量調降。但最終 院會仍決議調降畜牧業違反放流水標準罰鍰額度，由原先的6至60萬元，修正為6千至12萬元。
次修法雖調降畜牧業違反放流水標準的罰鍰額度，但畜牧業如未妥善處理廢水，以致排放廢水未符合放流水標準，於通知限期改善，屆期仍未完成改善者，將按日連續處罰；情節重大者，得命其停工或停業，必要時，並得廢止其排放許可證（文件）或勒令歇業。
然而罰鍰僅為督促業者做好污染防治與管理手段之一，並非主要目的，未來本署亦將配合法令 加強稽查並輔導畜牧業 加強廢水處理措施，規劃建置畜牧糞尿轉化為再生能源技術，以降低環境污染負荷，落實永續環保理念。
（水保處 儲雯娣）
立法院三讀通過之水污染防治法部分條文修正內容
| 條 次 |
修 正 內 容 |
| 第40條 |
畜牧業違反放流水標準處6千~12萬元 |
| 第44條 |
未繳交水污費處6千~30萬元 |
| 第45條 |
未依規定變更排放許可證處1~60萬元 |
| 第46條 |
採行水污染防治措施未符規定處1~60萬元 |
| 第48條 |
專責人員未符規定處1~10萬元 |
| 第56條 |
未依規定檢測申報處6千~30萬元 |
| 第66-1條 |
新訂『以污染特性及違規情節訂定裁罰基準』 |
